1979年2月，伊朗回教革命在柯梅尼 (Ayatollah Ruhollah Khomeini) 領導下推翻了巴勒維王朝，並按照柯梅尼所提「伊斯蘭政府及教法學家統治」理論，建立了「伊朗伊斯蘭共和國」，使伊朗成為一個政教合一，獨樹一幟的神權統治立憲政體。柯梅尼強烈否定君主制與世襲制政體的合法性，在波斯灣地區投下超級震撼彈，也引發隨後二十多年來波斯灣地區的戰亂與動盪不安。

1989年柯梅尼死後，其繼承人哈米尼 (Ali Khamenei) 雖順利接任「伊斯蘭革命領袖」，但因欠缺宗教威望，權威受到其他高級宗教學者挑戰，讓改革派有了發展的空間。2005年7月總統大選，保守派技術官僚阿馬迪尼杰 (Dr. Mahmud Ahmadi-Nejad) 當選總統，宗教保守勢力全面掌控國家各主要部門，對外不時有激進的言行出現，引起國際關注伊朗這個獨特的什葉派神權政體。

教法學家統治理論的淵源與內涵 伊斯蘭教主張政教一體，什葉派則進一步主張先知穆罕莫德632年死後應由阿里及其後裔繼任伊斯蘭國度的領袖或「伊瑪目」(Imam)，行使對人類的普遍統治權 (al-wilayat al-ammah)；國家統治權專屬於「伊瑪目」，其他人行使此項國家權力皆被視為非法僭越。但自874年第十二位「伊瑪目」從人世間隱遁後，什葉派信徒失去政治上追隨對象。

十一世紀初，什葉派教法學出現「代表」(niyabah) 說，主張由宗教學者作為「伊瑪目」的代表，將隱遁「伊瑪目」的權威移轉到在世的什葉派高級宗教學者身上，此說即為「教法學家統治」的理論基礎。到了十九世紀初，什葉派宗教學者納拉基 (Mulla Ahmad al-Naraqi) 提出「教法學家絕對統治」(wilayah al-faqih al-mutlaqah) 理論，進一步擴大教法學家作為「伊瑪目」代表的權限，使宗教學者有權行使專屬於先知與「伊瑪目」的一切統治權，不過該理論當時並沒有持續獲得高級宗教學者的支持。

1970年柯梅尼有系統地提出「伊斯蘭政府與教法學家統治」理論，並於伊朗回教革命後，在伊朗伊斯蘭共和國憲法中落實。其論述可以歸納如下：

1. 伊斯蘭政府是神權政府，主權屬於真主阿拉。伊斯蘭政府的基礎不是人所制定的法律，而是真主阿拉的法律－－伊斯蘭教法，所以不是少數服從多數，而是人類服從真主，服從真主所頒下的法令。
2. 伊斯蘭政府不是君主制或世襲制，雖是立憲政體，但與一般觀念的立憲政府或共和國政府不同，也反對世俗化政府。
3. 伊斯蘭政府是伊斯蘭教法的政府，它的統治者必須具備「教法知識」與「公正」兩個基本條件，只有教法學家可以同時具備這兩項條件。教法學家必須對今世完全沒有興趣或野心，才能符合「公正」的要求。
4. 伊斯蘭政府部門人員皆應具備教法知識，但統治者必須在此方面優於他人。政府部門人員無需個個精通伊斯蘭教法，只需根據各自工作領域掌握相當程度的教法知識。教法學家無需具備科學技術等專業知識，其職責主要是行使國家行政的監督權，而不是從事具體的行政工作。
5. 教法學家擁有超過統治者的權威，統治者必須服從教法學家的指導，所以真正的統治者其實是教法學家，統治權應當直接授予教法學家，而非接受教法學家指導的統治者。
6. 擔任統治者的教法學家在管理國家和政府及施行教法上擁有和先知穆罕默德及諸位「伊馬目」同樣的權威。如果沒有單一教法學家可以獨力完成統治者的任務，教法學家可以整體承擔這個任務。
7. 擔任統治者的教法學家具有兩個身分，宗教上是知識淵博的學者，政治上是國家的最高領袖。當教法學家以國家最高領袖身分對穆斯林的利益作出獨立判斷時，其他教法學家不可加以反對或批評。但是當他闡述教法規定並表示自己的獨立判斷意見時，這個意見對其他教法學家不具拘束力。

教法學家統治理論的具體實踐
伊朗伊斯蘭共和國實施「政教一體、以教領政」，被視為是柯梅尼「伊斯蘭政府」及「教法學家統治」理論的具體實踐。伊朗伊斯蘭共和國憲法明確規定，伊斯蘭政府以教法學家（「伊斯蘭革命領袖」）為領導核心，不論任何情況，「領袖」的職權僅能由一人行使，「領袖」具有超越法律與憲法的最高權威地位。

伊朗憲法將國家的政治機構分為「宗教機構」與「世俗機構」，其架構與職能簡介如次：

• 「伊斯蘭革命領袖」(Leader of Islamic Revolution) 或簡稱「領袖」
  1. 「領袖」由「專家會議」選舉產生。
  2. 「領袖」的條件包括：公正、虔誠、具有作為宗教領袖並發布教令所需宗教學識與品德、政治和社會洞察力、勇氣、能力和足夠的行政才能。
  3. 「領袖」是伊斯蘭共和國的最高權威，重要職權包括批准總統當選、罷免總統、確定伊斯蘭共和國總體政策方針、監督國家整體政策的良好執行、擔任武裝部隊統帥、宣戰、媾和、調動軍隊、任免軍事首長(包括參謀總長、革命衛隊總司令、三軍司令、保安部隊最高指揮官)等。
• 「宗教機構」
1. 「專家會議」(Assembly of Experts)：由宗教學者選舉產生，負責選舉或罷黜「領袖」，議會無權干預「專家會議」的遴選與組成。
2. 「監護委員會」(Council of Guardians)：由「領袖」任命6名教法學家及「專家會議」推選6名穆斯林法學家組成，職權包括批准議會通過的法案、（由教法學家成員）決定前述法案是否違反伊斯蘭原則、（由所有成員）決定前述法案是否違憲，審核總統候選人、議會議員候選人資格。
• 「世俗機構」
  1. 行政部門：總統經公民直選並獲「領袖」認可後任命，總統是行政部門首長，負責組織內閣及執行國家行政事務。總統直接向人民、領袖及議會負責，「領袖」有權罷免總統。
  2. 立法部門：伊斯蘭諮議會 (Islamic Consultative Assembly) 或簡稱議會，議員由公民直選產生，負責審核部會首長任命案，監督行政部門施政，審查行政部門法案。
  3. 司法部門：最高法院 (Supreme Court) 院長由「領袖」任命教法學家擔任。
• 「協調機構」 「伊斯蘭秩序利益確定委員會」(Council for Expediency of Islamic Orders and Interests)，負責對議會與監護委員會發生分歧之事項進行仲裁。

後柯梅尼時代伊朗政局發展與影響
柯梅尼於伊朗伊斯蘭共和國成立後被選為最高權威「伊斯蘭革命領袖」，從而實現其「教法學家統治」的主張。柯梅尼雖然不是什葉派的「最高仿效淵源」，但他透過領導回教革命建立其政教權威與聲望。柯梅尼於1989年6月3日去世前欽定總統哈米尼為其繼承人，但當時哈米尼僅為具「霍賈伊斯蘭」稱號的中級宗教學者（註），就任「伊斯蘭革命領袖」後雖取得「阿雅圖拉」稱號，但伊朗內部已出現要求高級宗教學者集體領導的聲音。

哈米尼於1994年獲得伊朗教法學家協會推舉為「最高仿效淵源」並獲得「大阿雅圖拉」稱號，但仍有一些高級宗教學者表示異議，另一方面，伊拉克什葉派則繼續尊奉「大阿雅圖拉」席斯塔尼 (Ali al-Sistani) 為「仿效淵源」。鑒於哈米尼的宗教威望難以服眾，伊朗政治與宗教權威不再由同一人擔任，哈米尼只是最高政治權威，這對伊朗的神權政體造成一定程度的傷害。

1997年至2005年，伊朗改革派宗教學者「霍賈伊斯蘭」哈塔米 (Mohammed Khatami) 擔任兩任總統，然因保守宗教力量仍掌控宗教機構與議會，其改革作為處處受到掣肘。2005年哈塔米任期結束，由於無法交出令伊朗人民滿意的成績單，在人心思變下由技術官僚出身的阿馬迪尼杰 (Dr. Mahmud Ahmadi-Nejad) 當選總統。

尼杰雖非宗教學者出身，宗教立場卻極端保守，絕對服從「伊斯蘭革命領袖」的領導，使得伊朗保守宗教力量全面掌控行政、立法、司法三大部門。尼杰上台之後，一再放話要將美國趕出海灣地區，讓以色列從地圖上消失，在紐約出席聯合國大會時又聲稱，隱遁的「伊瑪目」不久將以救世主身分重臨人世，帶領正義之師消滅所有邪惡，使伊朗政局發展彷彿又回到回教革命初期的激進路線。

目前伊朗已能自製中程彈道飛彈，並積極進行核子研發，引起外界懷疑其企圖發展核武；加上後海珊時代的伊拉克由什葉派掌政，另一個什葉派神權政府躍躍欲出，使得波斯灣再度面臨爆炸性發展的危險，而成為全球關注的焦點之一。 註：什葉派宗教學者依其學識淵博程度而有品級差異，並使用高低不等四種稱號，由上而下依序為：「大阿雅圖拉」(Grand Ayatollah)、「真主的跡象」或「阿雅圖拉」(Ayatollah)、「伊斯蘭的證據」或「霍賈伊斯蘭」(Hojjatul Islam)、「伊斯蘭的信任」(Thiqatul Islam)。